En 1944, le contre espionnage américain met sur pied l'opération Alsos à laquelle participent des scientifiques qui, dans le sillage des armées alliées, sont chargés de récolter des informations sur les avancées allemandes en matière de physique nucléaire. Il se rendent vite compte que les physiciens allemands sont très loin de la conception d'une bombe atomique. En effet, Hitler et Goering ont préféré réserver leurs ressources pour mettre au point les "bombes volantes", convaincus qu'il n'y avait pas lieu de s’inquiéter des travaux de ces physiciens juifs réfugiés outre-mer. Au printemps 1945, les équipes de Los Alamos ont mis au point une bombe à l'uranium 235 et une bombe au plutonium. Cependant, les Alliés s'approchent inéluctablement de Berlin et la victoire est proche. L'Allemagne, principale cible des bombes, cède, alors que les scientifiques arrivent au terme de leurs efforts. Mobilisés pour vaincre les Nazis et posséder l'arme atomique avant eux, les savants du projet perdent ainsi la justification idéologique de leur travail. Ils n'éprouvent en revanche aucune haine envers le Japon, désigné comme nouvel objectif, d'autant plus que son sort semble fixé.

C'est alors que, comme il l'a fait 5 ans plutôt pour convaincre Roosevelt d'entreprendre les recherches nucléaires, Léo Szilard prend l'initiative d'envoyer un rapport, cosigné par d'autres scientifiques, pour informer le gouvernement de leur désaccord concernant l'utilisation de la puissance atomique sur le Japon. Roosevelt meurt le 12 avril et c'est à son vice président Harry Truman qu'incombe la responsabilité d'utiliser l'arme atomique. Il forme un comité présidé par le ministre de la guerre Henry Stimson, secondé par un sous-comité constitué par Oppenheimer, Fermi, Compton (de gauche à droite ci-contre) et Lawrence. Après les avoir consulté, le comité propose le 1er Juin 1945, parmi un série de solutions, de frapper le Japon le plus rapidement possible "sans avertissement préalable, sur une cible à haute densité de population et à caractère militaire, de façon à obtenir le maximum d'effet psychologique".
Rapidement mis au courant, Szilard et son groupe envoient immédiatement un second rapport, le rapport Franck. Avec une grande lucidité, il montre les conséquences politiques et sociales de l'utilisation d'une telle arme par les Etats-unis. Il se termine par une invitation à utiliser la bombe de manière démonstrative dans un lieu désertique. Mais d'autres scientifiques comme Oppenheimer ou Fermi sont ouvertement favorable à l'utilisation de la bombe sur le Japon pour convaincre le monde de sa puissance et du danger qu'elle représente.
Le gouvernement rejette le rapport et met en place un second comité (le "Target Commitee") chargé de choisir les villes Japonaise qui seront bombardées. Hiroshima, Nagasaki, Kokura, Niigata et Kyoto sont désignées pour leurs importances industrielles et militaires. Les villes choisies sont volontairement épargnées par les bombardements, permettant ainsi de mieux mesurer les capacités de destruction de la bombe nucléaire. Kyoto est écartée par Stimson grâce à son identité culturelle très forte.
Washington se justifie en expliquant qu'une conquête du Japon serait longue et très coûteuse humainement: le chef d'état major George Marshall estime les pertes américaines à 500 000 morts, c'est à dire deux fois plus que lors de la libération de l'Europe. L'invasion risque en effet d'être difficile : les Japonnais sont insaisissables et se battent jusqu’à la mort. Chaque île prise par les américains s'accompagne de grandes pertes humaines. Mais on peut aussi penser que Truman souhaite empêcher l'URSS de progresser en Asie comme il l'a fait en Europe. Cette démonstration de force lui permettrait en outre d'être dans une position dominante dans ses relations avec Staline.
C'est en pleine conférence de Postdam en juillet 1945 que Truman est informé du succès de l'essai nucléaire Trinity : "Les bébés sont nés normalement" lit le télégramme en provenance de Los Alamos. Il en informe immédiatement Staline, sans mentionner la nature de la bombe, mais ce dernier semble peu intéressé. Le 26 Juillet, la République de Chine, le Royaume-Uni et les Etats-Unis réclament la reddition inconditionnelle du Japon. Truman ne mentionne pas la bombe atomique mais une destruction immédiate en cas de refus. Le 29, le premier ministre Japonais annonce qu'il entend ignorer cet ultimatum. Le 6 août Little Boy est larguée sur Hiroshima. Le 9, suite à l’hésitation des diplomates Japonais, Fat Man détruit la ville de Nagasaki.
Churchill, Roosevelt et Staline à la conférence de Yalta

Dès le succès de l'essai Trinity, Little Boy et Fat Man sont envoyées à bord du croiseur USS Indianapolis vers l'île de Tinian (à droite), immense base aérienne américaine proche du Japon. Deux jours plus tard, les cœurs d'uranium et de plutonium arrivent par avion. C'est William Parsons, capitaine dans l'US Navy, qui est chargé d'organiser l'assemblage des bombes sur place.
C'est le bombardier lourd B-29 Superfortress qui est choisit en 1943 comme meilleur vecteur pour la bombe. C'est suite à la demande des dirigeants du projet Manhattan que l'USAAF (armée de l'air américaine) fait construire une vingtaine d'exemplaires modifiés et demande au colonel Paul Tibbets de former et d’entraîner un groupe spécialisé pour les bombardements atomiques, qui deviendra le 509th Bomb Wing.
Lorsque les Japonais ignorent l'ultimatum de Postam, Truman, Stimson et Marshall chargent officiellement Groves de rédiger l'ordre d'utiliser la bombe, qu'il enverra au général Carl Spaatz, chef de l'USAAF.

Le B-29 "Enola Gay", baptisé du nom de la mère du commandant de bord Paul Tibbets, décolle à 2H00 (heure locale) le 6 aôut 1945, avec Little Boy à son bord, et accompagné de deux autres bombardiers : "The Great Artist" et "Necessary Evil" qui ont pour mission de récolter des données, prendre des photos et filmer. La bombe est armée en vol (par mesure de sécurité) par le capitaine Deak Parsons à 6H00 et Tibbets annonce à son équipage qu'ils transportent la première bombe atomique de l'histoire.

A 8h15, Little Boy est larguée. Elle explose à 600 mètre au-dessus du sol et libère l'équivalent en énergie d'environ 13000 tonnes de TNT. La bulle de gaz incandescent se forme et le flash "imprime" l'ombre de certains bâtiments et même de certaines victimes. Il est tellement puissant qu'il carbonise les personnes proches de l'hypocentre. L'air s'enflamme spontanément même à plusieurs kilomètres de l'impact et brûle humains et bâtiments. L'onde de choc rase ensuite les bâtiments encore debouts. Les dégâts sont inimaginables. Toute la ville est en ruine. Il ne reste presque rien dans un rayon d'environ 10 kilomètres. Entre 70 000 et 200 000 personnes sont tuées et autant sont blessés. A leur retour, Tibbets et son équipage sont accueillis comme des héros par la presse et l'armée.
Photographie aérienne d'Hiroshima prise par l'USAAF:
c'est ainsi qu'elle apparaît dans le viseur de l'Enola Gay le 6 août.